Luka Šibenik d.o.o. ima uspostavljen i certificiran sustav upravljanja kvalitetom prema međunarodnoj normi ISO 9001:2015. Područje certifikacije je osnovna lučka djelatnost odnosno lučke aktivnosti u terminalima koji čine tvrtku. Sustav upravljanja kvalitetom je uveden u 2009.godine s dvojnom certifikacijom od strane Bureau Veritasa i Hrvatskog registra brodova.
