1834. godine "Luka Šibenik" bila je vezana za eksploataciju ugljena u Drniško-Siverićkom bazenu u količini od 60.000-70.000 t/g.
Ugljen se preko "Luke Šibenik" izvozio u Trst, Siriju, Tursku i Egipat.
Izgradnjom željezničke pruge Siverić - Šibenik 1877. godine "Luka Šibenik" povezuje se sa zaleđem.
Izgradnja operativnih obala u dužini 437 m započela je 1906. godine, a dovršena je do 1921. godine. Godine 1910. "Luka Šibenik" nabavlja prvu lučku mehanizaciju ( mosne dizalice ).
Godine 1925. godine puštena je u promet Lička pruga što je osjetno doprinosi povezanosti Šibenske Luke sa zaleđem. U ovom periodu izgrađen je gat Vrulje sa 346 m operativne obale prosječne dubine 7 - 10 m.
Početkom 1949. godine osnovana je Direkcija Luka Srednjeg Jadrana sa sjedištem u Splitu i ispostavom u Šibeniku.
Godine 1948./49. obnovljena je obala gata Vrulje u dužini 113 m. Nakon otvaranja Unske pruge 1949. godine šibenska Luka bilježi znatno povećanje prometa pa je tako 1949 dovršena izgradnja obale Dobrika dužine 144 m , a na poluotoku Rogač započeta je izgradnja obale i skladišta za rasute terete. Do 1954. izgrađeno je 125 m obale te je sa 67 000 m2 otvorenog prostora "Luka Šibenik" postala luka rasutih tereta. Program mehanizacije "Luke Šibenik" izvršen je 1958. godine ugradnjom portalnih i mosnih dizalica na obali Dobrika i Rogač te izgradnjom kolosiječnog spoja sa ranžirnom stanicom Ražine preko južnog dijela "Luke Šibenik" gdje je izgrađena vlastita ranžirna stanica.
Izgradnjom terminala za rasute terete 1982. godine, "Luka Šibenik" se specijalizirala za prekrcaj sirovih fosfata i umjetnog gnojiva.